- W Polsce
- Czarna Woda – rzeka, dopływ Baryczy
- Czarna Woda – potok, dopływ Bielskiego Potoku na Słowacji
- Czarna Woda – struga, dopływ Borowej
- Czarna Woda – strumień, dopływ Bukowiny
- Czarna Woda – prawy dopływ Bystrzycy
- Czarna Woda – potok, dopływ Dunajca
- Czarna Woda – dopływ Grajcarka
- Czarna Woda – potok, dopływ Jałowca
- Czarna Woda – struga, dopływ Jeziorki
- Czarna Woda – dopływ Kaczawy
- Czarna Woda – potok, dopływ Morawki
- Czarna Woda – rzeka, dopływ Obry
- Czarna Woda – rzeka, dopływ Odry
- Czarna Woda – struga, dopływ Orli
- Czarna Woda – struga, dopływ Oziąbli
- Czarna Woda – potok, dopływ Piekielnika
- Czarna Woda – potok, dopływ Pokrzywianki, w Górach Świętokrzyskich
- Czarna Woda – struga, dopływ Sąsiecznicy
- Czarna Woda – struga, dopływ Stobrawy
- Czarna Woda – struga, uchodzi do Bałtyku, na Pobrzeżu Kaszubskim
- Czarna Woda – starorzecze rzeki Odra we Wrocławiu
- Czarna Woda – struga, lewostronny dopływ rzeki Czarnej Wody