Sezon 1939/1940 był siódmym sezonem Gauligi Ostpreußen, wchodzącej w skład Gauligi, stanowiącej pierwszy poziom rozgrywek w Rzeszy Niemieckiej. Mistrz ligi – VfB Königsberg zakwalifikował się do mistrzostw Niemiec, z których odpadł po fazie grupowej.
Z powodu wybuchu II wojny światowej, wojskowe kluby Yorck Boyen Insterburg, SV Hindenburg Allenstein oraz MSV von der Goltz Tilsit, nie wzięły udziału w rozgrywkach, podobnie jak policyjny SV Schutzpolizei Danzig. Zespół SpVgg Masovia Lyck wycofał się z rozgrywek z powodów finansowych, a KS Gedania Gdańsk został przymusowo rozwiązany. Kluby z Olsztyna – SV Viktoria Allenstein oraz SV Allenstein został połączone w SG Allenstein, a elbląskie drużyny SV Viktoria Elbing, VfR Hansa Elbing oraz SV 05 Elbing utworzyły SG Elbing.
Runda zasadnicza sezonu została przerwana, a związek piłkarski wybrał cztery najsilniejsze jego zdaniem zespoły, które utworzyły grupę rywalizującą o mistrzostwo Gauligi Ostpreußen. Od sezonu 1940/1941 drużyny z Gdańska i Elbląga startowały w nowo utworzonej w Gaulidze Danzig-Westpreußen.
Runda zasadnicza (przerwana)
| Legenda |
|
Awans do rundy finałowej |
.svg.png){kind=small}
